No mesmo ano que concluiu o seu mandato como prefeito de Londrina, em 1988, Wilson Moreira participou da fundação do Partido da Social Democracia Brasileira (PSDB) no Paraná. Nas eleições de outubro de 1990, candidatou-se a uma vaga na Câmara dos Deputados. Foi eleito e tomou posse em fevereiro de 1991. 

Como deputado federal, integrou a Comissão de Agricultura e Política Rural. Em 29 de setembro de 1992, na histórica sessão da Câmara, votou favorável ao impeachment do então presidente Fernando Collor de Melo, que era acusado de crime de responsabilidade por ligações com um esquema de corrupção liderado pelo ex-tesoureiro de sua campanha presidencial Paulo César Farias. 

Moreira concluiu o seu mandato já decidido a não participar mais de pleitos eleitorais, mas manteve-se filiado ao PSDB. Ocupou-se de funções empresariais em Londrina e participou ativamente também de diversos simpósios que abordavam questões importantes para o desenvolvimento urbano, saneamento, telefonia, sistema viário e habitação.

Wilson Rodrigues Moreira foi casado com Guiomar Accorsi Rodrigues Moreira, com quem teve quatro filhos e cinco netos. Seu falecimento em Londrina, ocorrido no mês de fevereiro de 2008, aos 84 anos, marcou o encerramento de uma jornada extraordinária. Entre as homenagens que recebeu de Londrina, há uma avenida que leva o seu nome. 

Fontes: Prefeitura Municipal de Londrina / Acervo Folha de Londrina / Câmara dos Deputados / Acervo Londrina Histórica.